صدها نوع باکتری در روده بهویژه در رودهی بزرگ زندگی میکنند. در حالیکه برخی از این باکتریها میتوانند برای سلامتی مفید باشند، برخی دیگر تأثیرات منفی بر سلامتی فرد دارند.
باکتریهای موجود در روده با عنوان فلور روده (gut flora) یا ریزاندامگاه همزیست (microbiome) نیز شناخته میشوند. سلامت روده برای برخورداری از سیستم ایمنی سالم و دوری از بیماریها ضروری است.
در روده انسان هم باکتریهای مفید موجود است و هم باکتریهای مضر. وظیفه باکتریهای مفید، هضم منظم غذاست.
توازن نامناسب باکتریهای موجود در روده همچنین احتمال افزایش وزن و بروز چاقی در ناحیهی شکم را افزایش میدهد.
بنابر پژوهشها، میزان باکتریهای فیرمیکوت (firmicutes) در افراد چاق بیشتر از کسانی است که وزن طبیعی دارند. این باکتریها میتوانند میزان جذب کالری را از غذاهای دریافتی افزایش دهند. بنابر بررسی انجامگرفته روی موشها، زمانی که به موشها باکتریهای مرتبط با چاقی داده شد، وزن آنها افزایش یافت. این در حالی است که باکتریهای مرتبط با لاغری وزن موشها را کاهش دادند.بررسیهایی نیز که روی دوقلوهای چاق و لاغر و مادرانشان صورت گرفته، نشان میدهند که هستهی فلور طبیعی روده در خانواده به طور معمول مشترک است. این ویژگی میتواند بر افزایش وزن فرد و محلی که چربیها ذخیره میشوند، تأثیر بگذارد.