پزشک در حین کولونوسکوپی چنانچه بافت غیرطبیعی مشاهده کند نمونه ای از آنرا برمیدارد که به این عمل بیوپسی می گویند و پزشک می تواند با میکروسکوپ به بررسی دقیق نمونه گرفته شده بپردازد.
اگر در حین برداشتن پولیپ و یا بیوپسی خونریزی اتفاق بیفتد، پزشک یا استفاده از یک پروب الکتریکی و یا داروهای مخصوص، از طریق کولونوسکوپ جلوی آنرا می گیرد.