جراحی‌های گاستریک بای پس در اواخر سال‌های ۱۹۹۰ رواج بیشتری پیدا کردند. عمل بایپس در واقع ترکیبی از کاهش حجم معده و اختلال در جذب مواد غذایی می‌باشد. در جراحی‌های بایپس، معده دو قسمت می‌شود و کیسه کوچکی که از معده ساخته می‌شود در فواصل متغیر اما معینی، به روده بیمار متصل می‌گردد. در جراحی‌های سوء جذبی با کاهش جذب کالری، بیمار لاغر خواهد شد. این اعمال به خصوص در افرادی که مقادیر زیادی شیرینی و کربوهیدرات‌های ساده مصرف نموده و به سایر اعمال جراحی چاقی نظیر اسلیو گاسترکتومی و باندینگ جواب نمی‌دهند، بکار برده می‌شود.
در این عمل که معمولاً بصورتReux-en Y انجام می شود، معده به دو قسمت کوچک حدود (۵۰-۳۰ سی سی) و قسمت بزرگ)باقیمانده معده) تقسیم می شود و غذا فقط وارد قسمت کوچک می شود . در این عمل ابتدا معده را با دوختن به دو ناحیه تقسیم کرده و قسمت کوچکتر که معمولا حجمی معادل ۵ تا ۱۰ درصد از کل معده را دارد ، کیسه ای کوچک است که حدخارجی آن، زاویه هیس و محدوده داخلی آن ۳ - ۵ سانتی متر پایین تر از محل اتصال مری به معده(EGJ) است. پس از ساخت معده کوچک، روده باریک در ۴۰-۵۰ سانتی متری از معده قطع می شود و چنانچه در عکس مشاهده می کنید قسمت انتهایی روده را به معده کوچک پیوند زده و غذا از طریق این پیوند وارد روده کوچک می شود و قسمت ابتدایی روده قطع شده نیز به روده ای که غذا در آن جریان دارد وصل نموده تا صفراو شیره پانکراس وارد روده گردد.
در روش بای پاس معده دو عمل جراحی ، یک جا روی بیمار انجام می شود (کوچک کردن معده + سوِِۀ جذب). این عمل از اعمال جراحی بسیار موثر در کاهش وزن می باشد و عوارض چاقی را تا حدود زیادی بر طرف می کند. بای پس معده در سنین بین ۱۸ تا ۶۵ قابل انجام است اگر چه پس از ۶۵ سالگی این عمل با ریسک بالاتری همراه است. در این روش ، بیماران ، ۸۰ تا ۱۰۰ درصد اضافه وزن خود را از دست داده و پس از آن تا آخر عمر در وزن ایده آل خود باقی خواهند ماند . این روش نیز مانند عمل های دیگر چاقی ازطریق لاپاراسکوپی و بدون برش لاپاراتومی قابل انجام است. در روش لاپاراسکوپی ۶-۵ عدد تروکار ( وسایلی که از داخل آن وسایل عمل و دوربین وارد و خارج می شوند) در سطح شکم گذاشته می شود.