زخم معده و اثنیعشر را به وسیله روشی به نام گاستروسکوپی نیز میتوان تشخیص داد. در این روش ،گاستروسکوپ انعطافپذیر را به داخل معده میفرستند و جدار داخلی معده را مشاهده میکنند و در صورت لزوم میتوانند همزمان بیوپسی (نمونهبرداری) انجام دهند همچنین میتوان عفونت هلیکوباکتر را نیز مورد بررسی قرار داد.